個人番号記載の扶養控除申告書の収集方法について

Q：

次年度からの個人番号記載の扶養控除申告書の収集方法について質問です。

これまでは、各地にある拠点のリーダーが配下社員の「扶養控除申告書」を取りまとめて、本社人事担当者へ送っていましたが、今後、マイナンバー（個人番号）が記載されると、今までのような方法で収集することが出来ないのではないかと気を揉んでいます。

社員から事務取扱担当者へ直接渡すには「簡易書留」や「レターパックプラス」を利用した方法が挙げられますが、費用負担や手間を考えると現実的ではないような気がします。

ならば、個人番号を目にする若しくは手にする社員全員を「事務取扱担当者」として特定した方が良いのか。

この辺りの対応方法、もしくは考え方などお聞かせください。